На основании части шестой ст. 11, ст. 273 ТК РФ руководитель (единоличный исполнительный орган) организации является работником этой организации, условия труда которого регулируются не только общими, но и специальными (глава 43 ТК РФ) нормами трудового законодательства. Каких-либо особенностей увольнения генерального директора применительно к рассматриваемой ситуации главой 43 ТК РФ не предусмотрено. Поэтому в данном случае порядок увольнения руководителя организации регулируется общими нормами Трудового Кодекса Российской Федерации о прекращении трудового договора.
Статьей 84.1 ТК РФ предусмотрено, что прекращение трудового договора оформляется приказом (распоряжением) работодателя (унифицированная форма приказа об увольнении утверждена постановлением Госкомстата РФ от 05.01.2004 N 1).
Генеральный директор без доверенности действует от имени общества, в том числе утверждает штаты, издаёт приказы и даёт указания, обязательные для исполнения всеми работниками общества (п. 3 ст. 40 Федерального закона от 08.02.1998 N 14-ФЗ \"Об обществах с ограниченной ответственностью\"). Соответственно, генеральный директор обладает этими полномочиями во все время работы, в том числе и в последний день работы (день увольнения либо день, предшествующий первому дню отпуска с последующим увольнением). Таким образом, генеральный директор должен в последний день работы сам издать приказ о своем увольнении. В том случае, если в этот день генеральный директор по каким-то объективным причинам (например, временная нетрудоспособность) не работал или не подписал сам приказ о своем увольнении, это может сделать уполномоченное им на подписание такого рода приказов лицо.
Порядок заполнения трудовых книжек установлен Правилами ведения и хранения трудовых книжек, изготовления бланков трудовой книжки и обеспечения ими работодателей, утвержденными постановлением Правительства РФ от 16.04.2003 N 225 \"О трудовых книжках\" (далее - Правила), а также Инструкцией по заполнению трудовых книжек, утверждённой постановлением Минтруда РФ от 10.10.2003 N 69 (далее - Инструкция).
Согласно п. 10 Положения все записи в трудовой книжке, в том числе и запись об увольнении, вносятся на основании соответствующего приказа. Пунктом 5.1 Инструкции установлено, что в графу \"Наименование, дата и номер документа, на основании которого внесена запись\" трудовой книжки вносятся реквизиты приказа (распоряжения) или иного решения работодателя. Таким образом, в трудовой книжке в качестве основания увольнения сотрудника указывается именно соответствующий приказ (распоряжение) работодателя.
В соответствии с п. 45 Правил ответственным за ведение трудовых книжек является работник, назначаемый приказом (распоряжением) работодателя. Как правило, им назначается сотрудник отдела кадров или менеджер по персоналу. Но в случае, если руководитель является единственным работником организации, ответственным за ведение собственной трудовой книжки является он сам. Согласно п.п. 10, 35 Правил лицо, ответственное за ведение трудовых книжек, в день увольнения работника должно внести в его трудовую книжку запись об увольнении, а также заверить все записи, внесенные в его трудовую книжку за время работы у данного работодателя. Записи заверяются подписью лица, ответственного за ведение трудовых книжек, печатью работодателя и подписью самого работника.
В Вашей ситуации, Олег Сергеевич, поскольку увольняемый сотрудник и ответственный за ведение трудовых книжек совпадают в одном лице, генеральный директор должен в день увольнения работника сам внести в свою трудовую книжку запись об увольнении, а также заверить все записи о трудовой деятельности у данного работодателя, расписавшись в книжке 2 раза: сначала как работодатель, потом как увольняемый работник.
На основании вышеизложенного генеральный директор, являющийся единственным работником общества с ограниченной ответственностью, должен в последний день работы сам издать приказ о своем увольнении и внести на его основании запись об увольнении в свою трудовую книжку.